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一 、概念不同
1 、有机食品：有机食品也叫生态或生物食品等 。有机食品是国际上对无污染天然食品比较统一的提法。有机食品通常来自于有机农业生产体系，根据国际有机农业生产要求和相应的标准生产加工的 。
2、转基因食品：就是通过基因工程技术将一种或几种外源性基因转移到某种特定的生物体中 ，并使其有效地表达出相应的产物（多肽或蛋白质） ，此过程叫转基因 。以转基因生物为原料加工生产的食品就是转基因食品。
二 、标准不同
1 、有机食品：原料来自于有机农业生产体系或野生天然产品；在生产和加工过程中必须严格遵循有机食品生产、采集 、加工 、包装、贮藏 、运输标准；生产和加工过程中必须建立严格的质量管理体系 、生产过程控制体系和追踪体系，因此一般需要有转换期；必须通过合法的有机食品认证机构的认证 。
2、转基因食品：植物性转基因食品 ，动物性转基因食品 ，微生物转基因食品，增产型的转基因食品 ，控熟型的转基因食品 ，保健型的转基因食品，加工型的转基因食品，高营养型的转基因食品 ，新品种型的转基因食品 。
三、安全性
1 、有机食品：有机产品含有较多铁质 、镁质、钙质等微量元素及维生素C ，而重金属及致癌的硝酸盐含量则较低，化学物质使用少 ，故安全性高。
2 、转基因食品：在转基因食品加工过程中由于基因的导入使得毒素蛋白发生过量表达 ，产生各种毒性，从理论上讲任何基因转入的方法都可能导致遗传工程体产生不可预知的变化 ，因此安全性较低 。
百度百科-有机食品
百度百科-转基因食品
什么是有机食品
有机食品(Organic Food):
也叫生态或生物食品等 。有机食品是国际上对无污染天然食品比较统一的提法。有机食品通常来自于有机农业生产体系 ，根据国际有机农业生产要求和相应的标准生产加工的。除有机食品外，国际上还把一些派生的产品如有机化妆品 、纺织品、林产品或有机食品生产而提供的生产资料 ，包括生物农药 、有机肥料等 ，经认证后统称有机产品 。
有机食品的主要特点:
来自于生态良好的有机农业生产体系 。有机食品的生产和加工，不使用化学农药 、化肥、化学防腐剂等合成物质 ，也不用基因工程生物及其产物 ，因此，有机食品是一类真正来自于自然 、富营养 、高品质和安全环保的生态食品。
无机食品：
到为止还没有无机食品这一说法，有机食品中的“有机 ”二字不是化学概念,所以没有“无机食品”之说 。
有机食品是国际上对无污染天然食品比较统一的提法 。
从物质的化学成分来分析 ，所有食品都是由含碳化合物组成的有机物质 ，都是有机的食品，没有非有机的食品 ，因此 ，从化学成分的角度，把食品称作“有机食品 ”的说法是没有意义的。所以 ，这里所说的“有机 ”不是化学上的概念——分子中含碳元素——而是指采取一种有机的耕作和加工方式 。
有机食品是指按照这种方式生产和加工的；产品符合国际或国家有机食品要求和标准；并通过国家有机食品认证机构认证的一切农副产品及其加工品 ，包括粮食、食用油 、菌类 、蔬菜、水果、瓜果，干果 ，奶制品 、禽畜产品 、蜂蜜、水产品 、调料等 。
有机食品的主要特点来自生态良好的有机农业生产体系．有机食品的生产和加工 ，不使用化学农药 、化肥、化学防腐剂等合成物质，也不用基因工程生物及其产物 ，因此 ，有机食品是一类真正来自自然 、富营养 、高品质和安全环保的生态食品。
有机食品在不同的语言中有不同的名称，国外最普遍的叫法是ORGANICFOOD在其他语种中也有称生态食品、自然食品等 。联合国粮农和世界卫生组织（FAO/WHO）的食品法典委员会（CODEX）将这类称谓各异但内涵实质基本相同的食品统称为有机食品 。
有机食品的判断标准：
1 、原料来自有机农业生产体系或野生天然产品。
2 、有机食品在生产和加工过程中必须严格遵循有机食品生产、采集 、加工 、包装、贮藏、运输标准 。
3 、有机食品生产和加工过程中必须建立严格的质量管理体系 、生产过程控制体系和追踪体系，因此一般需要有转换期；这个转换过程一般需要2—3年时间 ，才能够被批准为有机食品 。
4、有机食品必须通过合法的有机食品认证机构的认证。
5 、国内市场销售的有机食品主要是蔬菜 、大米、茶叶 、蜂蜜 、羊奶粉、有机杂粮 、有机水果 、有机蔬菜等。
以上内容参考：百度百科-有机食品
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